NISN itu sendiri memiliki sejumlah manfaat seperti:
1. Mengidentifikasi setiap individu peserta didik (peserta didik) pada semua sekolah se-Indonesia secara baku, konsisten, dan berkesinambungan.
2. Menjadi salah satu sentra layanan sistem pengelolaan angka induk siswa secara online bagi unit-unit kerja di Kemendikbud, Dinas Pendidikan daerah hingga sekolah yg bersifat baku, terpadu, dan akuntabel berbasis teknologi info dan komunikasi terbaru.
3. Sebagai sistem pendukung program Dapodik dalam pengembangan serta penerapan program-acara perencanaan pendidikan, statistik pendidikan dan acara pendidikan lainnya baik di taraf sentra, provinsi, kota, kabupaten sampai sekolah, yaitu: Bantuan Operasional Sekolah (BOS) ,Ujian Nasional, Pip atau KIP Kuliah,Sistem seleksi masuk Perguruan Tinggi Negeri
